Constituée de plus de 1400 œuvres, la collection du macLYON s’enrichit chaque année au fil des expositions temporaires, de la Biennale de Lyon et des contacts avec les artistes. La fondation Cercle 21, créée en 2019, contribue également à son élargissement. 
La collection du macLYON reçoit également le concours financier du Fonds Régional d’Aide aux Musées, du Ministère de la Culture et de la Région Auvergne Rhône-Alpes.

Ces œuvres rejoignent la collection en 2021 :

► Un ensemble d'œuvres d'Edi Dubien

► Un ensemble de dessins de Frédéric Bruly Bouabré
Achat d'un ensemble représentatif de la production de l'artiste ivoirien, décédé en 2014, complété par un don du fils de l'artiste.

► Des œuvres de Delphine Balley, Jasmina Cibic et Christine Rebet, achats complétés par des dons des artistes 

Ces œuvres ont été données par les artistes :

► Seton Smith, Insel I et Insel II, 2012
► Christian Lhopital, Patience et torpeur VI, 2017
► Jean Jullien, projet pour l'affiche de l'exposition Comme un parfum d'aventure, 2020
► Un ensemble d'œuvres de Philippe Droguet

Ces œuvres sont offertes au macLYON par les mécènes du Cercle 21 :

► Géraldine Kosiak, Kokechi, 2020
L'artiste a commencé la série de peintures Les dix mille choses en mars 2020, pendant le premier confinement lié à la pandémie du Covid-19. Elle assemble des objets, des artefacts et des bibelots issus d’autant de civilisations différentes, qui tous portent la mémoire des millions d’objets, de plantes et d’animaux naturalisés qui ont été rapportés des explorations au fil des siècles, ont intégré les collections des musées et sont aujourd’hui accessibles en ligne à des visiteurs qui parcourent le monde depuis leurs écrans. L'œuvre Kokechi est une tapisserie.

► Benjamin Testa, Appartement hyperbolique (Colombine), 2020
Cette oeuvre, produite par le musée en collaboration avec l'artiste, figure un logement grandeur nature et propose une nouvelle lecture des espaces d’habitation. La géométrie hyperbolique, qui remplace l’habituelle géométrie euclidienne, fait de cet appartement tout en courbes un espace de distorsion du réel et du quotidien. Voir la vidéo sur le site de l'artiste.

► Smaïl Kanouté, Never Twenty-One, 2019
Cette vidéo rend hommage aux jeunes victimes des violences liées aux armes à feu aux USA et qui n'auront jamais la chance d'atteindre l'âge légal de 21 ans.

► Un ensemble de dessins d'Edi Dubien